L'esterno della basilica ha richiami evidenti al gotico francese nella cuspide della facciata, nello slancio, ma il tutto ha un carattere totalmente diverso dal gotico d’oltralpe anche se il portale bipartito può richiamare quello stile.
Le mensole orizzontali e soprattutto il rosone hanno un'aria decisamente italiana ed umbra che ci fa ripensare alla cattedrale di S. Rufino e di cui ne richiama gli elementi.
Il campanile inoltre è greve con un largo impianto che si alleggerisce con le cornici orizzontali divisorie e appena si rianima con profilature salienti, verticali, verso aperture molto alte.
Il coronamento propone l'orizzontalità e il senso della chiusura delle pareti sottolineano l'importanza delle superfici tutte colore in quella bella pietra del Subasio che si accende nelle ore della luce di rosa e s'imbianca fortemente sotto la luna.
Le finestre così misurate nella loro forma sono note di canto con le vetrate di colore, ma lasciano un largo spazio alla narrazione che cammina con l'uomo dentro la navata.
I contrafforti sono costituiti da pilastri cilindrici che si staccano quasi come rilievo plastico dalla superficie, piuttosto che riassumere la tensione verticale delle pareti, e si diversificano nel colore dall'insieme della costruzione.
Colore e linea dunque piuttosto che tensione o slancio acuto, nervoso, dinamico, sono i caratteri di tutta la basilica che si offre come un messaggio di spiritualità semplice, senza presupposti tecnici complicati o raziocini teologici, tomistici e francesi.
Infatti, anche nella parte posteriore della basilica gli archi rampanti non sono determinati dai giochi di scarico della basilica ma dal terreno scosceso dello sperone su cui si erge l'edificio all'estremo ovest della città. E il gioco di essi, da contemplarsi più in basso, non è che il gioco necessario per costruzioni che si sono aggiunte e affiancate alla Chiesa, con un impianto più allargato dei previsto progetto che si svilupperà poi nel pieno Rinascimento.
La Francia era presente ad Assisi attraverso il commercio delle stoffe e la cultura conventuale di altri ordini religiosi cistercensi che avevano percorso da Vercelli, Chiaravalle e Casamari le terre piemontesi, lombarde, laziali, toscane coi monaci di S. Bernardo. Tale stile architettonico si diffonde e diventa moda, ma una moda che nella Toscana e nell'Umbria ha un altro sapore e si adatta al carattere locale e ne riassume lo spirito umano, la semplicità e la chiarezza ed elimina dello stesso ogni virtuosismo. ogni acutezza, ogni forzatura.
In tal modo anche la struttura poligonale dell'abside si inserisce serenamente in questo discorso di colore e di misura serena ed umana.
Dio aleggia ovunque, è vicino all'uomo, cammina con lui per le strade del mondo per innalzare lo spirito sì, ma senza strappi violenti.
L'interno propone una sola navata a quattro campate di ampio respiro con largo transetto e abside poligonale
I pilastri che sostengono le volte si inseriscono quasi nella parete con le loro polistili linee ascendenti a fasci di colonnine su cui poggiano senza grossi sforzi i costoloni delle volte a crociera.
Le pareti, con un'ascendenza calma ed ampia, ad una certa altezza rientrano formando un ballatoio che corre lungo la navata e nella parete della facciata sale sopra il portale sottostante il rosone.
L'insieme architettonico crea un senso di luminosità, di colore, di serenità che contrasta fortemente con l'austerità della basilica inferiore.
Dal profondo dell'essere turbato dal peccato e dalle passioni nasce al contatto purificatore di Francesco questo respiro di liberazione e di gioia pura.
Se si vuoi capire lo spirito religioso e artistico di questa chiesa occorre tener presente che i francescani si dedicavano particolarmente l'istruzione religiosa del popolo minuto. Perciò essi, da bravi maestri, oltre alla parola parlata, usavano la parola dipinta. L'immagine visiva fu sempre uno strumento didattico efficacissimo, usato dalla Chiesa sia per i dotti che per i semplici i quali sono più colpiti dalle figure che dai discorsi. Ecco perchè le chiese dei Medio Evo e particolarmente quelle francescane e domenicane furono spesso ricoperte di pitture.
Al popolo, per lo più analfabeta, che non sapeva o non poteva leggere un testo scritto, veniva offerto un testo dipinto sulle pareti della Chiesa. La decorazione pittorica della chiesa francescana non aveva scopi ornativi, ma didattici, e perciò veniva chiamata la "Bibbia dei poveri". Vi si trovavano infatti descritti e rappresentati, per episodi salienti, tutti i testi della Rivelazione divina.
Il grandioso ciclo pittorico della basilica Superiore è il più unitario e logico che si conosca, e si presenta come un'opera storica e religiosa.
Tutto l'insieme della decorazione esprime, con ordine rigoroso ed evidente, l'unità e la finalità della Chiesa raffigurata concretamente nell'edificio della Basilica, costruita in forma di Croce, cioè sulla passione dell'Uomo? Dio.
Il centro della Ch